Coenzym Q10 wird über die Nahrung zugeführt und im Körper selbst synthetisiert. Für die Eigensynthese benötigen die Zellen die Aminosäuren Phenylalanin, Tyrosin und Methionin sowie verschiedene Vitamine der B-Gruppe wie Folsäure (B9), Niacin (B3), Pantothensäure (B5), Pyridoxin (B6) und Cobalamin (B12). Die mit der Nahrung aufgenommenen niedrigkettigen Ubichinonformen werden vom Organismus unter Energieverbrauch in CoQ10 umgewandelt.
CoQ10 wird durch die Absorptionszellen im Dünndarm durch einen passiv unterstützten Diffusionsprozess aufgenommen, für den keine Energie benötigt wird, jedoch ein Lipidmolekül, das als Träger für die CoQ10-Moleküle dient. Die passive Diffusion erfordert eine höhere CoQ10-Konzentration in der Wasserphase im Vergleich zu derjenigen innerhalb der Zellmembran, die an die Seite der Absorptionszellmembran angrenzt. Je größer dieser Gradient ist, desto schneller und besser ist die Absorption. Kristalline CoC10-Verbindungen (CoQ10-Konglomerate) müssen vor der Absorption in einzelne Moleküle aufgelöst werden.
CoQ10 in seiner kristallisierten Form hat eine schlechte Auflösung im Darmtrakt, da sein Schmelzpunkt 10 °C über der Körpertemperatur liegt. Ohne den Zusatz eines Lipidträgermoleküls werden selbst einzelne CoQ10-Moleküle schlecht aufgenommen. Dies erklärt die schlechte Absorption (< 1 %) von CoQ10-Pulver. Homogenisiertes CoQ10 bildet idealerweise im Darm Mizellen, die dann zu über 80 % resorbiert werden. Oft wird CoQ10 in Liposomen verpackt. Diese müssen jedoch vor der Resorption aufgeschlossen werden, was nur unter Energieaufwand und Resorptionsverlust möglich ist.